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본 발명은 하모닉 기준차수를 고차로 설정하여 자동으로 하모닉 성분을 추출하는 선박 소음원의 하모닉 자동 추출 방법에 관한 것으로, 구체적으로는 하모닉 추출용 기준차수를 설정하는 단계와, 상기 하모닉 추출용 기준차수를 이용하여 각 하모닉 성분에 대한 추출 구간을 동시에 설정하는 단계와, 상기 설정된 각 추출 구간 내에서의 하모닉 특징정보를 추출하는 단계와, 상기 하모닉 특징정보를 이용하여 하모닉 유사도를 판별하는 단계와, 상기 유사도를 판별하는 단계에서 분류한 하모닉 후보를 이용하여 하모닉 기본주파수와 하모닉 차수를 최종적으로 산출하는 단계를 포함하고, 상기 하모닉 유사도를 판별하는 단계는, 주파수 유사도 판별 단계와, 주파수 폭 유사도 판별 단계와, 변화율 유사도 판별 단계와, 하모닉 후보 분류 단계를 포함하며, 상기 하모닉 추출용 기준차수는 1차보다 높은 소정의 고차 차수로 설정하고, 상기 하모닉 후보 분류 단계에서는 주파수, 주파수 폭 및 변화율이 모두 유사한 것으로 판별된 주파수를 하모닉 후보로 분류한다. 본 발명에 따르면, 복잡한 수중음향 토널 성분으부터 하모닉 특징정보를 추출하고 하모닉 유사도 판별을 수행하여 하모닉 기본주파수와 하모닉 차수를 추출할 수 있으며, 나아가 하모닉 추출에 소요되는 시간을 단축하고 보다 신뢰성 있는 하모닉 성분을 추출할 수 있다.